Издательство Крутицкого подворья является официальным подразделением Синодального отдела по делам молодежи. Издательство было создано по решению I Съезда православной молодежи в январе 1991 г. как издательский отдел Всецерковного православного молодежного движения (ВПМД), однако после передачи для нужд ВПМД комплекса Крутицкого подворья в г. Москве оно было переименовано в Издательство Крутицкого подворья. В 2000 г. в связи с преобразованием ВПМД в Синодальный отдел по делам молодежи, издательство стало официальным подразделением названного Отдела. С 1998 г. издательство принимает участие в выпуске журнала «Церковно-исторический вестник». С 2005 г. Издательство Крутицкого подворья совместно с Обществом любителей церковной истории осуществляет программу поддержки церковно-исторических и богословских исследований молодых ученых.